Naruto Shippuden to kontynuacja pierwszej serii Naruto. Fabuła rozpoczyna się po dwóch i pół roku od zakończenia pierwszej serii, główny bohater spędził ten czas na treningu z Jirayą – jego senseiem. Naruto wraca do Konohy aby spełnić obietnicę, którą złożył swojej przyjaciółce Sakurze. Jego głównym celem jest odbicie Sasuke z rąk Orochimaru, lecz nie będzie to takie proste. Zanim do tego dojdzie główny bohater będzie musiał zmierzyć się z wieloma wrogami oraz stawić czoła organizacji zwanej Akatsuki, której to planem jest zdobycie wszystkich demonów (w tym Kyuubiego – demona, który został zapieczętowany w Naruto) i stać się najsilniejszą na świecie grupą. Aby sprostać wszystkim przeszkodom nasz bohater trenuje by stać się silniejszym i wraz z przyjaciółmi podołać wyzwaniom.